建设单位办理工程竣工验收备案时，若工程发生质量事故，备案机关应当（ ）。

根据《房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收备案管理办法》，如果工程在竣工验收过程中发现存在质量事故或严重质量问题，建设单位不得直接备案，而应当责令重新组织竣工验收，直至合格后方可备案。A错误；C、D不是备案阶段的直接处理措施，备案阶段重点审查验收程序的合法性和结果的合格性。