工程质量监督机构在实施监督时，有权抽查涉及工程主体结构安全和主要使用功能的工程实体质量。

根据工程质量监督的相关规定，工程质量监督机构的主要职责包括对工程实体质量和工程建设、勘察、设计、施工、监理等单位的工程质量行为进行监督，其中明确包括抽查涉及主体结构安全和主要使用功能的工程实体质量。